2016年，曲阜师范大学计划招收全日制硕士研究生1348人，其中全日制学术型研究生898名，全日制硕士专业学位研究生450名。实际招生人数以2016年招生计划为准。

按国家和山东省文件规定，曲阜师范大学全日制学术型和专业型硕士生的学费标准分别为：8000元/学年和10000元/学年;全日制公共管理硕士学费标准为12000元/学年。该校全日制学术型研究生学制均为3年;　全日制专业学位研究生中全日制艺术硕士的4个领域(音乐、美术、广播电视、电影)和公共管理硕士学制为3年，其他专业学位学制为2年。全日制硕士研究生享受研究生国家助学金，标准为每生6000元/学年，国家助学金覆盖面为100%(有固定工资收入的学生除外)。根据上级主管部门分配的名额，表现特别优异的全日制在校硕士研究生可申请研究生国家奖学金，奖励标准为每生20000元/学年。

此外，学校还设立三助岗位，在三助岗位工作的在校生学校将每月发放400元的津贴;对于家庭经济困难的在校生，经申请和认定后，学校一次性发放困难补贴;经济困难学生亦可申请生源地信用助学贷款，最高额度不超过12000元/学年。